গত ১৫ই সেপ্টেম্বর যোগাযোগমন্ত্রী বৈঠকে বসেছিলেন বিমান বাহিনী প্রধান, জাইকা প্রতিনিধি, মন্ত্রণালয়ের ঢাকা ট্রান্সপোর্ট ইউনিটকে নিয়ে। তখন এলাইনমেন্ট চূড়ান্ত করা হয়। প্রধানমন্ত্রী বিদেশ যাওয়ার আগে তা অনুমোদন দিয়ে গেছেন। জাইকা ও জাপান সরকারকে তা জানিয়ে দেয়া হয়েছে।
বিমান বাহিনীর আপত্তির পরিপ্রেক্ষিতে তাদের অংশটুকু প্রকল্প এলাকা থেকে বাদ দেয়া হয়েছে। জাতীয় সংসদ ভবনের সৌন্দর্য যাতে কোনভাবেই ব্যাহত না হয় সেদিকে সতর্ক দৃষ্টি রেখে সংশোধিত এলাইনমেন্ট করা হয়েছে। সংসদ ভবনের পূর্ব-দক্ষিণ দিকের রাস্তা থেকে দেড় শ’ ফুট ভেতরে যাবে মেট্রোরেল। এক থেকে দু’টো পিলার পড়বে সংসদ ভবনের খোলা জায়গার পূর্বদিকে। সংশোধিত এলাইনমেন্ট অনুযায়ী পল্লবী থেকে রোকেয়া সরণি, কম্পিউটার ভবন, খামারবাড়ী হয়ে সায়েদাবাদ পর্যন্ত যাবে মেট্রোরেল লাইন। ষোল কিলোমিটার দীর্ঘ এই লাইনটিই চূড়ান্তভাবে স্থির করা হয়েছে। যোগাযোগ মন্ত্রণালয় সূত্রে জানা গেছে, জাতীয় সংসদের স্পিকারের আপত্তির পরিপ্রেক্ষিতে সংসদ ভবন এলাকার স্বল্পতম জায়গা নেয়া হয়েছে।
জাইকা বলেছে, তারা যে এলাইনমেন্ট প্রস্তুত করেছে তাতে শুধুমাত্র এমআরটি-৬ পল্লবী-সায়েদাবাদ ছাড়া অন্য কোন বিকল্প বিবেচনা করা যাবে না। নিশ্চিত করা হয়েছে মানিক মিয়া এভিনিউর সামনে পার্লামেন্ট সংলগ্ন খোলা মাঠের পূর্বে জাতীয় কবরস্থানের পশ্চিম বনভূমির উপর মোট ৭৫০ ফুট, পার্লামেন্ট ভবনের সামনে মোট ৭৫০ ফুট ও পশ্চিমে রাস্তার পাশে বনভূমির পর ৯০০ ফুট প্রকল্পে আসবে। পার্লামেন্ট ভবন সংলগ্ন খোলা মাঠ সব দিক থেকেই সামঞ্জস্যপূর্ণ থাকবে। দু’টি পিলার পার্লামেন্ট ভবনের পূর্ব-দক্ষিণ দিকের রাস্তা থেকে প্রায় ১৫০ ফুট ভিতরে এবং উন্মুক্ত জায়গায় প্রতিটিতে আট বর্গফুটের একটি করে দু’টো পিলার পার্লামেন্ট ভবন এলাকায় যেতে পারে- যা পার্লামেন্ট ভবনের সৌন্দর্যকে ব্যাহত করবে না। বিজয় সরণি হতে এমআরটি লাইনটি সরিয়ে খামারবাড়ী রাস্তায় নিয়ে যাওয়া হবে। এমআরটি ৬-এর প্রতিটি ল্যান্ডিং স্টেশনের দূরত্ব হবে এক বর্গকিলোমিটার। ২০ কিলোমিটার লাইনে মোট স্টেশন হবে পনেরটি। তালতলার পরবর্তী স্টেশন হবে চন্দ্রিমা উদ্যান, তারপর ফার্মগেট। ঢাকা স্ট্র্যাটেজিক ট্রান্সপোর্ট প্ল্যানের ভিত্তিতেই ফিজিবিলিটি স্টাডি করে জাইকা এই সংশোধিত এলাইনমেন্ট করেছে।